L’Ifremer allège son dispositif de surveillance du SARS-CoV-2 dans le milieu marin mais reste vigilant
Pour récupérer les particules virales éventuellement présentes dans les coquillages, plusieurs étapes de préparation et de purification des échantillons sont nécessaires.
Crédit : Ifremer
« Depuis le 31 mai, nous avons arrêté le suivi régulier du SARS-CoV-2 que nous menions depuis avril 2020 sur l’ensemble du littoral de l’hexagone avec l’aide de nos collègues des laboratoires « environnement ressources », annonce Soizick Le Guyader, virologiste et responsable du laboratoire nantais « Santé Environnement et Microbiologie » de l’Ifremer. Les prélèvements mensuels ont été effectués dans 21 sites jusqu’en octobre 2020, puis dans 13 sites, tous connus pour être contaminés par des rejets d’origine humaine ».
Cette modification de la stratégie de surveillance repose sur le fait que, à ce jour, aucune contamination par l’eau de baignade n’a été rapportée et que la transmission du virus par voie alimentaire est peu probable. Il apparait donc adapté d’alléger la surveillance en ciblant des situations considérées comme à risque.
« Dans la mesure où le génome du SARS-CoV-2 est néanmoins présent dans les eaux usées que nous analysons régulièrement dans le cadre du réseau Obépine, l’Ifremer a décidé de rester en alerte et de déployer son dispositif de surveillance dans des sites potentiellement contaminés par des eaux usées suite à un accident de station d’épuration ou de fuites de réseau », annonce Jean-Côme Piquet, responsable du réseau de surveillance microbiologique (REMI).
A ce jour, le risque de contamination du littoral reste faible. Toutes les conditions sont actuellement réunies : les traitements des eaux usées limitent la dissémination du virus dans le milieu marin, sa circulation dans la population ralentit et sa concentration dans les eaux usées diminue.
« Seul le déversement accidentel d’eaux brutes non traitées pourrait entrainer la contamination du littoral », prévient Soizick Le Guyader.
La méthode de détection de l’Ifremer devenue une référence
Surentrainés à traquer les norovirus dans le milieu marin, les personnels du laboratoire nantais « Santé environnement et microbiologie » de l’Ifremer ont dû adapter le protocole d’analyse aux spécificités du SARS-CoV-2 pour le détecter dans les coquillages. La méthode ainsi mise au point utilise les mêmes tests PCR que ceux utilisés pour le diagnostic humain ou dans les eaux usées. Elle a fait l’objet d’une publication en mars 2021 dans la revue Science of the Total Environment (Desdouits et al.) et d’une présentation officielle, au niveau européen en juin 2021, aux laboratoires nationaux de référence pour la détection des virus humains dans l’alimentation. Depuis le début de la pandémie, plusieurs laboratoires d’autres pays (Italie, Angleterre, Maroc…) ont également sollicité l’expertise de l’Ifremer pour savoir comment rechercher la présence potentielle du SARS-CoV-2 dans les coquillages de leur littoral.
Desdouits et al., Can shellfish be used to monitor SARS-CoV-2 in the coastal environment?, Science of The Total Environment, Vol. 778, 2021