Surveillance microbiologique
Prélèvement d'huîtres pour le REMI.
Crédit : Ifremer, Jean-Côme PIQUET
Nos rivages touchés par la présence de bactéries d’origine humaine
Tout au long de l’année, l’Ifremer suit les niveaux de bactéries indicatrices de contamination fécale humaine ou animale Escherichia coli dans les zones de production de coquillages. Plus ces bactéries sont nombreuses dans l’eau, plus la probabilité que le coquillage les accumule ainsi que d'autres micro-organismes possiblement associés est grande. La présence de micro-organismes d'origines entériques signalant un potentiel danger pour le consommateur, il est important de contrôler leur présence. Plus elles sont nombreuses dans l’eau, plus le risque de pouvoir tomber malade en consommant les coquillages est important.
Si les niveaux de contamination dépassent les normes sanitaires établies par la réglementation européenne, l’Ifremer alerte les pouvoirs publics. Des mesures nécessaires sont alors mises en place pour assurer la sécurité sanitaire et prévenir la mise sur le marché de coquillages potentiellement dangereux pour la santé du consommateur. En 2019, 22 % des zones surveillées se sont révélées de bonne qualité, 72 % de qualité moyenne et 6 % sont considérées comme dégradées.
Vers une amélioration du milieu
Les suivis du REMI (voir encadré ci-dessous) ont permis de cibler des secteurs prioritaires pour des programmes de reconquête de la qualité des eaux. Des plans d’actions lancés par les pouvoirs publics ont permis d’améliorer la qualité microbiologique des zones conchylicoles.
En Bretagne Nord, on constate une proportion importante de lieux de bonne qualité, avec des tendances à l’amélioration ces dernières années, fruit des efforts menés sur les bassins versants (assainissement, élevage...).
À l’échelle de l’ensemble du littoral, les tendances sur 10 ans sont majoritairement à l’amélioration.
Vigilance à observer
La grande majorité des zones conchylicoles présente une qualité microbiologique moyenne qui ne permet pas la consommation directe des coquillages crus sans purification préalable.
On constate notamment une qualité dégradée pour certains étangs méditerranéens, avec une sensibilité particulière aux contaminations par temps de pluie.
La poursuite de l’amélioration de la qualité des eaux littorales passe par l’adaptation des réseaux d’assainissement à la croissance de la population en zone littorale, mais aussi aux événements climatiques qui peuvent être à l’origine de dysfonctionnements accidentels. Ainsi, des contaminations par les virus entériques humains, tels que les norovirus (virus de la gastro-entérite) plus résistants aux traitements des eaux usées que les bactéries comme Escherichia coli, sont observées et soulignent l'importance d'une prise en compte spécifique dans les actions de reconquête de la qualité des eaux littorales.
Comment l'Ifremer surveille-t-il la présence de ces bactéries dans nos eaux littorales ?
L’Ifremer a créé et développé depuis 1989 le réseau REMI, un réseau de surveillance microbiologique basé sur des prélèvements d’huîtres sur 413 sites du littoral. L’objectif est d’évaluer les niveaux de contamination des zones de production de coquillages, afin de surveiller leurs évolutions, de détecter et de suivre les épisodes inhabituels de contamination. Ce suivi permet aux services de l'État de classer les zones d’exploitation conchylicole en 3 catégories :
- A, bon : les coquillages peuvent être mis à la consommation directement après la récolte
- B, moyen : les coquillages nécessitent obligatoirement une purification ou un reparcage avant mise à la consommation
- C, dégradé : les coquillages nécessitent obligatoirement un reparcage de longue durée ou un traitement thermique avant mise à la consommation
Un projet de recherche innovant : l’huître face aux virus humains
La microbiologie sanitaire cible les organismes pathogènes
L’Ifremer développe depuis des années une recherche en microbiologie sanitaire pour permettre la mise sur le marché de coquillages sains et ainsi prévenir l'apparition de pathologie chez le consommateur. Pour cela, il est important d’étudier la contamination du littoral (eau de mer et coquillages) par les micro-organismes pathogènes pour l’Homme, en ciblant les voies d'apports et d'entrée sur le littoral, avec un fort intérêt pour les virus entériques et notamment les norovirus.
Cela nécessite la mise au point de méthodes innovantes pour détecter ces virus présents à l’état de trace et le développement d’outils permettant leur étude comme les protocoles d’extraction, les méthodes d'analyse (métagénomique).
Au centre Atlantique de l’Ifremer : dissection des mollusques prélevés sur les trois façades maritimes françaises avant d'analyser leurs tissus pour savoir s'ils sont porteurs de traces du SARS-CoV-2.
Crédit : Ifremer, Soizick LE GUYADER
Détection des virus : la recherche innove
Évaluer la diversité des virus rejetés dans l’environnement littoral constitue un enjeu scientifique qui a conduit les équipes de l'Ifremer à développer des capteurs passifs permettant d’évaluer l'impact d’un bassin versant sur la qualité des coquillages situés en aval (projet FEAMP APINOV). Associée aux outils de métagénomique, cette approche permet une description de la communauté virale. En effet la démonstration, il y a plusieurs années, que l’huître était capable de sélectionner des souches virales et ainsi favoriser la transmission de certaines maladies à l’Homme montre l’importance de comprendre ces mécanismes (projet ANR GOyAVE).
Il est en effet capital d’anticiper l’émergence d'agents pathogènes dans un contexte 'one health' comme l’épidémie de COVID19 vient de le montrer (projet H2020 VEO). À cette occasion, l’Ifremer a mis en place un plan d’action visant à détecter l’arrivée possible du virus SARS CoV2 sur le littoral. La participation au réseau OBEPINE, mis en place au niveau national pour surveiller la circulation de ce virus dans les eaux usées, permettra à l’Ifremer d’être réactif en cas de risque accru de contamination du littoral.